(1) А где говорится о том, что он был "тайным учеником"? Я вижу, что в Ин 3:2 он называет Иисуса как "Учитель от Бога":
от Иоанна 3:2 Он пришёл к Иисусу ночью и сказал Ему: Равви! мы знаем, что Ты — учитель, пришедший от Бога; ибо таких чудес, какие Ты творишь, никто не может творить, если не будет с ним Бог.
Разве не означают выделенные слова, что Никодим признавал в Иисусе Христа? Именно это они и означают. Если бы он просто желал прийти к вере, типа подыскивал себе учителей, он бы сказал как то так "Здорова, мил человек, расскажи пожалуйста своё учение, чтобы я мог понять от Бога ли ты или самозванец". Но нет, мы видим, что Никодим признал в Иисусе Сын Божия. Однозначно.
(2) Вот именно! Хороший вопрос! Вспомните себя, как вы пришли в веру? Неужели в момент когда вы уверовали в Бога (сперва просто как в "высшую силу", "вселенский разум" и т.д., потом уже более осмысленно, по Слову), неужели вы в самый этот момент уже знали что вам надлежит родиться свыше? Держу пари, вы даже термина такого не знали. Максимум, что вы могли знать - это то, что вам нужно окунуться в чан с водой в здании с куполами и свечками (что есть лишь ритуал водного крещения, но не само крещение). Ни о каком рождении от Духа Святого вы и знать не знали. Не так ли? Потому что вы были младенцем, а младенцу не надлежит знать таких сложных вещей. Всему своё время. Или взять меня. Лично я верующим был с детства, сколько себя помню. Однако лет 30 вся вера по сути заключалась в свечках, куличах и крестике на шее. О том, что нужно родиться от Духа Святого, лично я узнал около 5 лет тому назад.
Потому что нигде нет ни слова об одновременности. Более того, есть ровно обратное (Матфея 3:11). Креститель когда крестил водою (что есть принятие Христа) говорил, что потом Христос будет крестить Духом и огнём. Видите? Будет! А Иоанн уже крестил водою. Значит эти события разделены во времени. Собственно говоря, рождение от воды есть рождение младенца (духовное тело, прежде мёртвое, ожило). А рождение от Духа - это есть рождение мужа совершенного, то есть бывший младенец научился управляться со своим духовным телом в совершенстве. Точно также, как это происходит с физическим (душевным) телом в обычной жизни.
Слово "одновременно" или синонимы тут отсутствуют.
Тут речь о пришедших от великой скорби (Откр 7:13-14), которая ещё только предстоит в будущем.